研究人员发现，CRISPR/Cas9的脱靶效应通常是sgRNA依赖的。除了针对特定位点进行编辑外，sgRNA还可以容忍多达5至6个错配碱基，或因缺失或多出碱基而导致非靶向切割。这些潜在的脱靶位点在基因组中可能多达成千上万个，因此全面评估全基因组中的脱靶效应面临挑战。

为此，研究者们开发了一种基于全基因组测序和生物信息学预测的技术，以实现对因脱靶效应引起的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）及结构变异（SV）的全面分析。近年来，全基因组测序在脱靶效应检测中的应用愈加广泛。Kevin等（2021）采用全基因组测序与生信分析评估了Cas9的脱靶风险，他们对163个sgRNA在基因编辑小鼠与对照小鼠中进行了基因组序列和结构变异的分析，利用Cas-OFFinder预测出556,266个潜在脱靶位点，并通过交集分析检测到28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序得到确认。这项研究表明，尽管真实脱靶点只占潜在脱靶的很小一部分，但其风险仍不可忽视。

根据基因编辑的脱靶特性，尊龙凯时研发团队结合基因组测序推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，通过比对基因编辑组与对照组的测序数据，识别编辑组的SNV和Indels变异。同时，利用Cas-OFFinder分析sgRNA与基因组之间的匹配情况以预测可能的脱靶位点。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的潜在脱靶位点进行交集分析，可以更精确地识别发生编辑的脱靶位点。

除了脱靶效应分析，我们还使用CNVkit和manta两款生信分析工具来识别基因组中的拷贝数变化以及检测插入、缺失和易位等染色体结构变异。这些信息有助于全面了解基因编辑所造成的染色体结构变化。

与GUIDE-seq体内检测相比，全基因组脱靶检测不依赖于ODN插入，提供了一种更灵活便捷的检测方式。同时，该方法能够分析大规模染色体变异，为全面评估基因编辑的效果及潜在风险提供重要支持。作为国内首家提供脱靶检测服务的公司，尊龙凯时可提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种服务。如需了解更多信息，欢迎垂询。